Environment modules TCL#

DEPRECATED

Debido a la actualización del sistema operativo de los nodos de cómputo está página de documentación quedará obsoleta. La nueva herramienta a usar será Lmod

Puesto que es usted está en un entorno compartido por cientos de usuarios, la forma de proveer multiples aplicaciones en sus múltiples versiones a multitud de usuarios en un entorno de computo distribuido no es la misma que en un ordenador personal o un servidor propio.

La herramienta para la gestión de estos entornos se llama Environment Modules. Puede encontrar una explicación sobre Environment modules en el siguiente enlace:

Básicamente Environment modules son un conjunto de scripts que nos permiten modificar fácilmente el entorno de usuario (la shell) haciendo disponibles al usuario sólo las aplicaciones que queramos usar. Por tanto, será la herramienta a usar para cargar/descargar aplicaciones una vez se inicie sesión el los nodos de login.

¿Comó usar environment modules?#

En apartados posteriores verá cómo se usan junto al gestor de colas de trabajos Slurm pero para familiarizarse puede iniciar sesión en un nodo de login y ejecutar los siguientes comando y ejemplos para entender su funcionamiento:

$module avail (o av)                -- muestra los módulos que tenemos disponibles

$module load modulename  (o add)    -- carga un módulo/aplicación  concreto

$module unload modulename (o rm)    -- eliminar un módulo cargado

$module purge                       -- elimina todos los módulos cargados

$module list                        -- lista los módulos cargados por el usuario

$module show modulename             -- muestra la información de módulo

$module whatis modulename           -- muestra la información del modulefile

$module update modulename           -- recarga todos los módulos cargados

$module help                        -- muestra información de ayuda del módulo

Ejemplos#

$ which gcc                -> /usr/bin/gcc
$ module load gcc/10.2.0
$ which gcc                -> /opt/envhpc/utils/rhel6/gcc/10.2.0/bin/gcc

Puede ver cómo el ejecutable de la aplicación que se está usando antes y después de cargar el módulo.

$ module av python

------------------------ /opt/envhpc/modulefiles/.rhel6 ------------------------
python/2.7.18/gcc python/3.5.4/gcc  python/3.7.9/gcc  python/3.8.11/gcc

$ which python                -> /usr/bin/python
$ which python3               -> /usr/bin/which: no python3 in (/usr/local/bin:...)

$ module load python/3.7.9/gcc -> Requisito cargar openssl/1.1.1k/gcc

python/3.7.9/gcc(10):ERROR:151: Module 'python/3.7.9/gcc' depends on one of the module(s) 'openssl/1.1.1k/gcc'.
python/3.7.9/gcc(10):ERROR:102: Tcl command execution failed: prereq openssl/1.1.1k/gcc.

$ module load openssl/1.1.1k/gcc python/3.7.9/gcc
$ which python3             -> /opt/envhpc/utils/rhel6/python/3.7.9/gcc-10.2.0/bin/python3

En este caso, cómo primer paso, busca alguna versión de python disponible en el sistema.

Seguidamente, observará que comando python3 no está disponible.

Al cargar el módulo python/3.7.9/gcc se pide como requisito para su correcto funcionamiento precargue el módulo openssl/1.1.1k/gcc.

Una vez cargados estos dos módulos, puede observar cómo la versión 3.7.9 de python está disponible.

¿Cómo usar módules en un script?