R#
R es un lenguaje y un entorno de programación diseñado para trabajar en el ámbito estadístico.
Utilizar R en TeideHPC#
Una vez conectados a los nodos de login, para ver las versiones de R disponibles, utilizamos la herramienta de modules:
module ava R
---------------------------------------------- /opt/envhpc/modulefiles/.rhel6 ----------------------------------------------
R/3.4.4/gcc R/3.6.1/gcc R/4.0.3/gcc R/4.1.1/gcc
Para cargar alguna de las versiones es posible que tengamos que cargar algún módulo previamente:
module load R/4.1.1/gcc
R/4.1.1/gcc(10):ERROR:151: Module 'R/4.1.1/gcc' depends on one of the module(s) 'gcc/10.2.0'
R/4.1.1/gcc(10):ERROR:102: Tcl command execution failed: prereq gcc/10.2.0
Por tanto, cargamos los módulos necesarios, en el orden correspondiente:
module load gcc/10.2.0 R/4.1.1/gcc
module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) openssl/1.1.1k/gcc 2) python/3.8.11/gcc 3) gcc/10.2.0 4) R/4.1.1/gcc
Ahora ya podemos empezar a utilizar R:
R
R version 4.1.1 (2021-08-10) -- "Kick Things"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
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Instalar paquetes de R en /data#
Por defecto, R instalará los paquetes en el /home del usuario. Este almacenamiento esta limitado en tamaño, así que deberíamos configurar los entornos e instalar el software en la partición de /data. Para hacer esto, tenemos que configurar una variable de entorno:
De esta forma, R utilizrá esta ruta como librería por defecto en lugar del /home del usuario. Al utilizar las funciones de R como install.packages() y library(), los paquetes serán instalados en la ruta definida en la variable R_LIBS_USER. Si quiere evitar tener que definir esta variable cada vez que se conecta, puede añadir esa línea al final de su fichero ~/.bashrc, de esta forma, será permanente.
Ejecutar un script de R en Slurm#
Para utilizar un script de R en Slurm, tenemos que ejecutarlo de la siguiente manera: